Вода очищается от механических примесей и мусора, которые перегнивая образуют питательную среду для нитевидных и синезелёных водорослей.
Для очистки поверхности воды используется скиммер, который засасывает в себя листву с поверхности водного зеркала до того момента, когда она пойдёт на дно и начнёт перегнивать.

Лампы устанавливаются в колбах, через которые под напором пропускается вода, и при помощи ультрафиолета происходит уничтожение синезелёных водорослей.
Как и в случае с механической фильтрацией, мощность и количество ламп подбираются в зависимости от размера водоёма.
Лампы находятся в специальном кожухе. Они абсолютно безопасны.

Очистка при помощи специальных бактерий наиболее действенный и эффективный метод, основанный на «поедании» бактериями синезелёных водорослей.
Бактерии поселяются на камнях, на растениях или на специальных гранулах и щётках увеличенной поверхности в системах фильтрации.

Химическая очистка применяется в основном в бассейнах. Однако некоторые строители водоёмов (особенно те кто не умеет правильно подбирать фильтрацию) «грешат» используя химию.
Исключением можно считать использование специального минерала Цеолита, который используется в некоторых системах фильтрации и является абсорбентом жизненно важных элементов, входящих в состав питания синезелёных водорослей.